Beide Städte hatten ihr eigenes Wappen, entstanden aus den ältesten Siegeln. Siegel und Wappen enthielten jeweils die Darstellung einer Burg. Mit der Vereinigung der Städte wurden die beiden Wappenschilde nebeneinandergestellt und die Krone darüber gesetzt. Die Form der Darstellung in den Wappenschilden und die umrahmenden Ornamente veränderten sich im Laufe der Jahre.
Zum heutigen Wappen gab es größere Unterschiede. Der Entwurf des jetzigen Wappen enstand 1901 vom Wappenmaler Prof. Hildebrandt. Die beiden Schilde lagen auf einem Wappenmantel im Stil der Neurenaissance, der innen silber- und außen goldfarbig ist. Darüber standen die Krone und die Jahreszahl der Vereinigung der Städte 1715.
Im Jahre 1993 wurde die Entscheidung zur Entfernung der Zahl 1715 aus dem Wappen getroffen, da Zahlenangaben bei der Wappengestaltung heraldisch nicht üblich sind. Zudem drückt die Zahl 1715 lediglich das Vereinigungsjahr der Städte aus, welches durch die Krone symbolisiert wird. Krone und Wappenmantel sind als Nebenstücke keine untrennbaren Bestandteile des Wappens.
Das heraldisch gesehen rechte Wappen ist das alte Wappen der Altstadt, links das der Neustadt. In der Burgstellung des Wappens der Altstadt ist das Fallgitter hochgezogen. Die beiden mittleren Türme zeigen den roten brandenburgischen und den schwarzen preußischen Adler. Im Tor des Wappens der Neustadt steht ein markgräflicher Ritter mit dem roten brandenburgischen Adler auf dem Schild.
Die Stadtfarben - grün für die Altstadt und blau für die Neustadt - sind in das Wappen durch die Farbgestaltung der Turmspitze eingegangen.
Farbdefinition nach der CMYK-Skala
Blau - C-100%
Grün - C-800%, Y-100%
Gelb - M-30%, Y-100%
Rot - M-85%, Y-100%
(www.stadt-brandenburg.de)