Das Wappen von Donaueschingen zeigt in einem von Silber und Blau geteilten Schild ein sechsspeichiges Rad in verwechselten Farben. Die Flagge ist weiß-blau. Das Wappen wurde in seiner heutigen Form 1895 angenommen.

In den Siegeln des Ortes ist ab 1790 das Fleckenzeichen, das Sester, abgebildet. Anfang des 19. Jahrhunderts nahm man den fürstenbergischen Adler mit dem Sester in den Fängen in das Siegel auf. Teilweise ist auch das badische Staatswappen in Kombination mit dem Sester zu finden. Mitte des 19. Jahrhunderts war das Sester das alleinige Symbol des Stadtsiegels. 1895 wurde das heutige Wappen auf Vorschlag des Generallandesarchivs Baden angenommen. Dabei griff man auf das Rad zurück, das als Wappen der Herren von Eschingen zurückgeht. Die Blasonierung wurde in den fürstenbergischen Farben blau-weiß gewählt.